Hisaishi ha producido la música de 11 películas del director Hayao Miyazaki, entre ellas Mi vecino Totoro y Spirited Away, y sigue dando a conocer su música en todo el mundo a través de su producción Joe Hisaishi Symphonic Concert: Music from the Studio Ghibli Films of Hayao Miyazaki.

Su obra cinematográfica abarca más de 80 películas japonesas y extranjeras. Sus obras han sido galardonadas con numerosos premios, entre ellos el Annie Award, el Hong Kong Film Award, el Asian Film Award y varios premios de la Academia de Cine de Japón por sus extraordinarios logros musicales. En el 2001, debutó como director de cine con Quartet, para la que también compuso la música. La película fue invitada oficialmente a la sección World Competition del Festival de Cine Mundial de Montreal.

Hisaishi es también un hábil intérprete, habiendo sido pianista solista y director de orquesta director de orquesta. Fue el primer músico japonés en dirigir en el Festival Internacional de Cine de Cannes, interpretando The General, de Buster Keaton.

En julio del 2004, asumió el cargo de primer director musical de la recién creada World Dream Orchestra (W.D.O.) de la Nueva Filarmónica de Japón. A partir de septiembre del 2014, trabajó como productor y director de orquesta para los conciertos "Joe Hisaishi presents MUSIC FUTURE", que le granjearon una enorme popularidad y dieron lugar a un álbum en directo. En julio del 2019, dirigió una serie de conciertos llamada "Future Orchestra Classics" y lanzó una caja de las Sinfonías Completas de Beethoven que fue galardonada con el Premio Especial en la 57 edición de los Premios de la Academia del Disco en Japón.

Hisaishi ha colaborado con un amplio abanico de artistas, como Philip Glass, David Lang y Mischa Maisky, y con orquestas como la Sinfónica de Viena, la Filarmónica de Helsinki, la Sinfónica de Londres, la Sinfónica de Melbourne, la Sinfónica de Chicago y la Sinfónica de Toronto.

Hisaishi es profesor invitado en la Escuela Superior de Música de Kunitachi. En el 2009, recibió la Medalla de Honor con Cinta Púrpura del gobierno de Japón. Del 2016 al 2018, ocupó el cargo de Director Artístico del Nagano City Arts Center. Es Compositor en Residencia y Socio Musical de la Nueva Filarmónica de Japón desde septiembre del 2020 y Director Principal invitado de orquesta de la Orquesta Sinfónica del Siglo de Japón desde abril del 2021.

Fue nombrado Compositor Asociado de la Royal Philharmonic Orchestra en abril del 2024 y es el Director Musical designado de la Japan Century Symphony Orchestra, a partir de abril del 2025.