Uno de los directores internacionales más distinguidos de España, Juanjo Mena es director director de orquesta del Festival de Mayo de Cincinnati y asociado director de orquesta de la Orquesta Nacional de España. Ha sido Jefe director de orquesta de la Filarmónica de la BBC, Director Artístico de la Orquesta Sinfónica de Bilbao, Invitado Principal director de orquesta de la Orquesta del Teatro Carlo Felice de Génova e Invitado Principal director de orquesta de la Orquesta Filarmónica de Bergen. Ha colaborado con prestigiosas orquestas como la Filarmónica de Berlín, la Filarmónica de Londres, la Filarmónica de Oslo, la Filarmónica de Rotterdam, la Orquesta Sinfónica Nacional de Dinamarca, la Orquesta Nacional de Francia, la Orquesta Filarmónica de la Scala de Milán, la Orquesta de la Radio de Baviera, la Filarmónica de Dresde y la Orquesta Sinfónica de la Radio de Suecia, así como con las principales orquestas de España.

Ha dirigido la mayoría de las principales orquestas de Norteamérica, incluyendo las orquestas sinfónicas de Chicago, Boston, Baltimore, Cincinnati, Montreal y Toronto, las orquestas filarmónicas de Nueva York y Los Ángeles, la Orquesta de Cleveland, la Orquesta Sinfónica Nacional, Washington, la Orquesta de Minnesota y la Orquesta de Filadelfia. 

Invitado a festivales internacionales, ha actuado en el Festival de las Estrellas de las Noches Blancas de San Petersburgo, Rusia, el Hollywood Bowl, Grant Park (Chicago), Tanglewood y La Folle Journée (Nantes). Ha dirigido la Filarmónica de la BBC en giras por Europa y Asia, incluyendo actuaciones en Colonia, Munich, Viena, Madrid, Pekín y Seúl, y conciertos anuales en los BBC Proms de Londres.

Entre sus obras operísticas se encuentran «El holandés errante», «Salomé», «Elektra», «Ariadna en Naxos», «El castillo del duque Barba Azul», «Fidelio» y «Erwartung», y entre sus producciones, «Eugene Onegin» en Génova, «Las bodas de Fígaro» en Lausana y «Billy Budd» en Bilbao.

Ha realizado varias grabaciones con la Filarmónica de la BBC, entre las que se incluyen los recientes lanzamientos de las obras orquestales de Ginastera con motivo del centenario del compositor, dos discos de obras de Manuel de Falla, uno de los cuales fue la Grabación del Mes de la BBC Music Magazine, un lanzamiento de Gabriel Pierné que fue elegido por el editor de un gramófono, y obras de Albéniz, Montsalvatge, Weber y Turina que han recibido excelentes críticas de la prensa especializada en música. También ha grabado la Sinfonía Turangalîla de Messiaen para Hyperion con la Orquesta Filarmónica de Bergen, interpretación que, según se dice, "redefine completamente los términos bajo los cuales se debe juzgar el pasado/actual/futuro de Turangalîlas". (Gramófono, octubre del 2012).

Los puntos más destacados de la temporada 2018-19 del Maestro Mena incluyen una gira por España con la Orquesta Filarmónica de Londres, sus debuts con la Tonhalle-Orchester Zürich, la Bamberger Symphoniker y la Konzerthausorchester de Berlín, y visitas de regreso a la Orquesta Sinfónica de Boston y la Orquesta de Minnesota.