Como la mayoría de las obras para órgano a gran escala de Bach, la épica Pasacalle y Fuga en Do menor fue compuesta cuando tocar el órgano todavía formaba parte de la descripción de su trabajo, lo que dejó de ser el caso en 1717 cuando cumplió 32 años. La forma de pasacalles en sí misma había sido alrededor de más de un siglo, originada como un patrón de acordes más bien como un blues renacentista de 12 compases. En los tiempos de Bach la palabra significaba una serie de variaciones sobre una figura de bajo que se repetía, la cual Bach introdujo complacido por sí mismo para que no se le pudiera pasar por alto. La línea del bajo cambia y migra hacia las voces superiores, lo que ha llevado a algunos estudiosos a argumentar que la pieza no es un pasacalles, sino algo más, pero de hecho términos como "pasacalles" o "chaconne" nunca tuvieron definiciones rígidas, y en esta única ocasión en la que llamó a algo pasacalles, Bach sin duda sabía lo que quería decir. Su pasacalles es seguido por una doble fuga en la que el primer sujeto es muy reconocible la primera parte del bajo, y el segundo sujeto es, no tan reconocible, derivado de la segunda parte.